農(nóng)用微生物菌劑是由一種或一種以上的功能微生物(有效活菌)經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)增殖后直接使用，或經(jīng)濃縮或經(jīng)載體吸附而制成的活菌制品。其特點(diǎn)是菌數(shù)高，用量少，使用各種功能菌種，產(chǎn)品品種多;適用對象廣;涉及試驗(yàn)設(shè)計(jì)、效果評價的參數(shù)與指標(biāo)也多樣。主要有9個品種，包括：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、溶磷菌劑、硅酸鹽菌劑、光合細(xì)菌菌劑、有機(jī)物料腐熟劑(秸稈、糞便等)、促生菌劑、復(fù)合菌劑、菌根菌劑和生物修復(fù)菌劑(農(nóng)藥殘留降解、克服作物重茬)。適用范圍：作物、土壤;秸稈(腐熟劑)、農(nóng)殘種類(修復(fù)劑)。

生物有機(jī)肥是由特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等)為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。其特點(diǎn)是在優(yōu)質(zhì)的有機(jī)肥(腐熟后)中，再添加(二次添加)功能微生物。

微生物菌劑里面單純的就是活菌制劑，里面沒有其他營養(yǎng)物質(zhì)（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌體蛋白，有機(jī)質(zhì)，活性炭，活性鈣，腐殖酸等），這是微生物菌劑于微生物肥料的最明顯的區(qū)別。微生物菌劑里面的菌種純度高，有效活菌數(shù)含量≥50億/克。微生物肥料一般是有效活菌數(shù)≥2000萬/克。

生物有機(jī)肥。指特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等)為原料并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。發(fā)揮了生物菌“解”的作用，本身又供應(yīng)了各種營養(yǎng)，是生物菌應(yīng)用上的一大進(jìn)步。